Размер лямбды со всеми распакованными слоями должен быть меньше 250 МБ, если вы близки к этому размеру, рассмотрите возможность разделения слоев и используйте только те, которые вам нужны.
Вы можете смешивать зависимости для разных языков в одном слое, поскольку это просто файлы, которые вы можете повторно использовать в своей среде Lambda. Как вы сказали, это увеличит холодный запуск, и каждая функция, которая использует общий слой, загрузит слой независимо. Поэтому, если вам проще поддерживать все в одном слое, сохраняйте его как есть, однако, как правило, не рекомендуется загружать код, который вы не собираетесь использовать.
С другой стороны, каждый Функция может иметь только до 5 уровней, поэтому, разбив общий код и зависимости на небольшие слои, вы вскоре можете достичь этого предела.