Я нашел. Мне нужно использовать ловушку, которая изменяет значение, проанализированное для фильтрации.
$.tablesorter.filter.types.start = function(config, data) {
data.exact = data.$cells[data.index];
data.exact = data.exact.innerText;
data.iExact = data.exact.toLowerCase();
return null;
}