Возможно, вам повезет, если вы найдете в своем коде все запросы, а затем выполните SELECT EXPLAIN по ним. Это должно дать вам несколько ярких цифр, когда запрос плохо проиндексирован. К сожалению, это не даст вам представление о том, какие операторы вызываются чаще всего.
Также - я заметил некоторые проблемы с несовпадением типов в запросах. Когда вы передаете строку, содержащую число, и запрашивает индекс, основанный на целых числах, он сканирует всю таблицу.