Вы можете быть удивлены, но Visual Studio - отличный инструмент для отладки Javascript (или JScript, как его называет MS). Просто прикрепите процесс IE, просмотрите запущенные сценарии и установите точки останова, где хотите. Что касается проверки DOM, она не может вам помочь. Но это то, как я отлаживаю в IE.