Используйте видоизмененную матрицу и точечное произведение. Например:
import numpy as np
# Example data
image = np.arange(80).reshape(8,10)
images = np.repeat([image],90, axis=0)
images_row=images.reshape((90, 8*10))
S=np.sum(images_row, axis=1)
Y_mat,X_mat = np.meshgrid(np.arange(10),np.arange(8))
Y_mats = np.repeat([Y_mat],90, axis=0)
Y_mats = Y_mats.reshape((90, 8*10))
X_mats= np.repeat([X_mat],90, axis=0)
X_mats = X_mats.reshape((90, 8*10))
#center of mass:
X_c=np.dot(images_row, X_mats.T)/S
Y_c=np.dot(images_row, Y_mats.T)/S