Question

Я новичок в python, поэтому извините, если я сделаю какие-либо ошибки новичка. Я пытаюсь вставить свой текстовый файл в netcdf.

Я использую пакет netcdf4 и следую примеру на этом сайте: https://pyhogs.github.io/intro_netcdf4.html, и мне удалось воспроизвести пример (в примере используются случайные данные):

Проблема: Мой текстовый файл содержит: Lon, Lat, SST, и когда я пытаюсь вставить эти значения, файл netcdf создан, однако, это не правильно:

В моем коде я пытаюсь применить интерполяцию Барнса (var) или интерполяция griddata (interp). Я думаю, это то, что нужно ввести в мою переменную netcdf (возможно, я ошибаюсь).

Здесь мой код до сих пор:

import os
import numpy as np
from scipy.interpolate import griddata
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy.ma as ma
import netCDF4 as nc4
from numpy.random import uniform, seed
from metpy.interpolate import (interpolate_to_grid, remove_nan_observations, inverse_distance_to_grid, remove_repeat_coordinates)

# Open file
arq_sst = np.loadtxt(fname = "C:\\Users\\Rodrigo\\XYZ.txt", skiprows=0, delimiter=",")

# Getting the Arrays
lonf = arq_sst[:, 0]
latf = arq_sst[:, 1]
sstf = arq_sst[:, 2]

# Atmosphere level
z = [1]   

#shapping grid
x_1, y_1 = np.meshgrid(lonf, latf)

#Barnes Interpolation
var = inverse_distance_to_grid(lonf, latf, sstf, x_1, y_1, r=100000, gamma=0.25, kappa=5.052, min_neighbors=3, kind='barnes')

#Or

#Another interpolation
interp = griddata((lonf, latf), sstf, (lonf[None,:], latf[:,None]), method='nearest')

#Open netcdf to write
f = nc4.Dataset('file_created.nc','w', format='NETCDF4') 

#Creating group in netcdf file
tempgrp = f.createGroup('SAT_DATA')

#Specifying dimensions
tempgrp.createDimension('lon', len(lonf))
tempgrp.createDimension('lat', len(latf))
tempgrp.createDimension('z', len(z))
tempgrp.createDimension('time', None)

#Building variables
longitude = tempgrp.createVariable('Longitude', 'f4', 'lon')
latitude = tempgrp.createVariable('Latitude', 'f4', 'lat')  
levels = tempgrp.createVariable('Levels', 'i4', 'z')
sst = tempgrp.createVariable('sst', 'f4', ('time', 'lon', 'lat', 'z'))
time = tempgrp.createVariable('Time', 'i4', 'time')


#Passing data into variables
longitude[:] = lonf 
latitude[:] = latf
levels[:] = z
sst[0,:,:,:] = var

#get time in days since Jan 01,01
from datetime import datetime
today = datetime.today()
time_num = today.toordinal()
time[0] = time_num

#Add global attributes
f.description = "XYZ dataset containing one group"
f.history = "Created " + today.strftime("%d/%m/%y")

#Add local attributes to variable instances
longitude.units = 'degrees east'
latitude.units = 'degrees north'
time.units = 'days since Jan 01, 0001'
sst.units = 'degrees'
levels.units = 'meters'
sst.warning = 'This data is not real!'

#Closing the dataset
f.close()

Вот мои текстовые данные (Заголовок: Долгота , широта, ССТ). Я уменьшил количество строк, чтобы поместиться здесь:

-42.1870,-22.9940,22.4844
-37.4000,-29.9700,20.2000
-37.4200,-29.9600,20.1000
-39.1800,-30.0000,20.5000
-39.2100,-30.0000,20.4000
-39.2300,-30.0000,20.4000
-39.2200,-29.9800,20.4000
-39.2300,-29.9900,20.4000
-39.2000,-29.9800,20.4000
-39.1900,-30.0000,20.5000
-39.2800,-29.9900,20.5000
-39.2700,-29.9900,20.4000
-39.3400,-29.9700,20.5000
-39.3300,-29.9600,20.4000
-39.3100,-29.9600,20.4000
-39.3600,-29.9700,20.6000
-39.3500,-29.9900,20.4000
-39.3900,-29.9900,20.4000
-38.4600,-30.0000,20.3000
-38.4900,-29.9800,20.7000
-37.4800,-29.8800,20.4000
-37.5000,-29.8600,20.3000
-37.4600,-29.8900,20.3000
-41.3800,-29.9900,20.0000
-41.4000,-29.9900,20.1000
-41.0400,-29.9300,20.1000
-41.0200,-29.9200,20.2000
-41.0600,-29.9300,20.1000
-41.1000,-29.9400,19.9000
-41.0900,-29.9600,19.9000
-41.1100,-29.9800,19.9000
-41.1100,-29.9600,20.0000
-41.1200,-29.9400,20.0000
-41.1400,-29.9400,20.0000
-41.1600,-29.9500,20.1000
-41.1700,-29.9500,20.1000
-41.1900,-29.9700,20.0000
-41.1900,-29.9500,20.1000
-40.6800,-29.9900,20.1000
-40.7400,-29.9600,20.1000
-40.7700,-29.9700,20.1000
-40.7800,-29.9700,20.1000
-40.7100,-29.9000,20.1000
-40.7600,-29.9100,20.1000
-40.7400,-29.9000,20.1000
-40.7200,-29.9000,20.2000
-40.7600,-29.9200,20.1000
-40.7500,-29.9400,20.1000
-40.7800,-29.9100,20.2000
-40.8000,-29.9100,20.2000
-40.8100,-29.9300,20.1000
-40.8200,-29.9200,20.2000
-40.7900,-29.9300,20.2000
-40.7900,-29.9500,20.1000
-40.7700,-29.9300,20.1000
-40.8400,-29.9600,20.2000
-40.8600,-29.9600,20.3000
-40.9000,-29.9100,20.1000
-40.9100,-29.9100,20.0000
-40.3900,-29.9400,20.0000
-40.3900,-29.9200,20.0000
-40.4100,-29.9200,20.0000
-40.4100,-29.9400,20.0000
-40.3800,-29.9000,20.0000
-40.3800,-29.9200,20.0000
-40.4000,-29.9000,20.1000
-40.3700,-29.9600,20.0000
-40.3600,-29.9700,20.0000
-40.3800,-29.9800,20.0000
-40.4200,-29.9000,20.0000
-40.4300,-29.9300,20.1000
-40.4500,-29.9300,20.1000
-40.4700,-29.9300,20.0000
-40.4400,-29.9100,20.0000
-40.4500,-29.9100,20.0000
-40.4700,-29.9100,20.0000
-40.5000,-29.9400,19.9000
-40.5300,-29.9200,20.1000
-40.5100,-29.9200,20.1000
-40.4900,-29.9400,19.9000
-40.4900,-29.9200,20.0000
-40.6200,-30.0000,20.2000
-40.6000,-30.0000,20.1000
-40.6800,-29.9900,20.1000
-40.4000,-29.8400,20.1000
-40.4800,-29.8700,20.1000
-40.4500,-29.8300,20.3000
-40.4600,-29.8900,20.1000
-40.4600,-29.8700,20.0000
-40.5000,-29.8800,20.3000
-40.4900,-29.9000,20.1000
-40.5100,-29.9000,20.3000
-40.5300,-29.9000,20.2000
-40.5600,-29.8500,20.3000
-40.5800,-29.8500,20.3000
-40.6300,-29.9000,19.9000
-40.7100,-29.9000,20.1000
-40.0500,-29.9600,20.3000
-40.1100,-29.9800,20.2000
-40.1100,-30.0000,20.2000

Кто-нибудь может мне помочь?

user1321988 · Answer 1 · 30 апреля 2020

Итак, есть пара вещей. Прежде всего, вы не предоставляете правильные равные интервалы измерений для интерполяции и результирующего файла netCDF. Вот как я создал пространство для сетки сетки (я выбрал линейное пространство 100, но в зависимости от того, какое разрешение вы хотите, чтобы ваши данные, вы можете изменить это на то, что вам подходит):

spacing_x = np.linspace(np.min(lonf),np.max(lonf),100)
spacing_y = np.linspace(np.min(latf),np.max(latf),100)
x_1, y_1 = np.meshgrid(spacing_x, spacing_y)

Затем выполните интерполяцию следующим образом:

#Barnes Interpolation
var = inverse_distance_to_grid(lonf, latf, sstf, x_1, y_1, r=100000, gamma=0.25, kappa=5.052, min_neighbors=3, kind='barnes')

#Or

#Another interpolation
interp = griddata((lonf, latf), sstf, (x_1, y_1), method='nearest')

Наконец, вы захотите добавить линейные пробелы в качестве измерений широты и долготы, поскольку интерполированные данные передаются им:

#Passing data into variables
longitude[:] = x_1[0]
latitude[:] = y_1[:,0]

Еще одно замечание: для того, чтобы Panoply или другое программное обеспечение отображало ваши данные в формате Geo2D, вы должны назвать ваши латентные размеры такими же, как ваши переменные. Полный код ниже:

import os
import numpy as np
from scipy.interpolate import griddata
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy.ma as ma
import netCDF4 as nc4
from numpy.random import uniform, seed
from metpy.interpolate import (interpolate_to_grid, remove_nan_observations, inverse_distance_to_grid, remove_repeat_coordinates)

# Open file
arq_sst = np.loadtxt(fname = r"C:\Users\Rodrigo\XYZ.txt", skiprows=0, delimiter=",")

# Getting the Arrays
lonf = arq_sst[:, 0]
latf = arq_sst[:, 1]
sstf = arq_sst[:, 2]

# Atmosphere level
z = [1]

#shapping grid
spacing_x = np.linspace(np.min(lonf),np.max(lonf),100)
spacing_y = np.linspace(np.min(latf),np.max(latf),100)
x_1, y_1 = np.meshgrid(spacing_x, spacing_y)

#Barnes Interpolation
var = inverse_distance_to_grid(lonf, latf, sstf, x_1, y_1, r=100000, gamma=0.25, kappa=5.052, min_neighbors=3, kind='barnes')

#Or

#Another interpolation
interp = griddata((lonf, latf), sstf, (x_1, y_1), method='nearest')

#Open netcdf to write
f = nc4.Dataset('file_created.nc','w', format='NETCDF4')

#Creating group in netcdf file
tempgrp = f.createGroup('SAT_DATA')

#Specifying dimensions
tempgrp.createDimension('longitude', len(spacing_x))
tempgrp.createDimension('latitude', len(spacing_y))
tempgrp.createDimension('z', len(z))
tempgrp.createDimension('time', None)

#Building variables
longitude = tempgrp.createVariable('longitude', 'f8', 'longitude', fill_value=np.nan)
latitude = tempgrp.createVariable('latitude', 'f8', 'latitude', fill_value=np.nan)
levels = tempgrp.createVariable('z', 'i4', 'z')
sst = tempgrp.createVariable('sst', 'f8', ('time','longitude','latitude','z'), fill_value=np.nan)
time = tempgrp.createVariable('time', 'f8', 'time', fill_value=np.nan)

#Passing data into variables
longitude[:] = x_1[0]
latitude[:] = y_1[:,0]
levels[:] = z
sst[0,:,:,:] = var

#get time in days since Jan 01,01
from datetime import datetime
today = datetime.today()
time_num = today.toordinal()
time[0] = time_num

#Add global attributes
f.description = "XYZ dataset containing one group"
f.history = "Created " + today.strftime("%d/%m/%y")

#Add local attributes to variable instances
longitude.units = 'degrees_east'
longitude.point_spacing = "even";
longitude._CoordinateAxisType = "Lon";
latitude.units = 'degrees_north'
latitude.point_spacing = "even";
latitude._CoordinateAxisType = "Lat";
time.units = "days since Jan 01, 0001";
time._ChunkSizes = [1]
sst.long_name = "SEA SURFACE TEMPERATURE"
sst.history = "From coads_climatology"
sst.units = "Deg C";
sst.missing_value = -1.0
sst._ChunkSizes = [1, 100, 100]
levels.units = 'meters'
sst.warning = 'This data is not real!'

#Closing the dataset
f.close()

Дайте мне знать, если у вас есть какие-либо вопросы.

Как вставить данные TXT в netcdf в python

Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь чтобы ответить на этот вопрос.

1 Ответ

Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь что бы добавить комментарий.

Как вставить данные TXT в netcdf в python

Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь чтобы ответить на этот вопрос.

1 Ответ

Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь что бы добавить комментарий.

Похожие темы