Вы ошибаетесь, prefers-color-scheme ТАКЖЕ получает предпочтение теме браузера - но не так, как вы думаете. Если вы думаете об этих темах браузера, которые вы найдете в Chrome Web Store или Firefox Add-On Store, к сожалению, ни один из текущих браузеров не реализует такие возможности, чтобы он соответствовал WebExtensions.
prefers-color-scheme получает тему из ОС, но ТАКЖЕ браузер, если он переопределен или находится за предпочтениями пользователя. На Firefox добавление ui.systemUsesDarkTheme к about:config и установка его на 0 всегда делает (prefers-color-scheme: dark) true независимо от предпочтения ОС. На Android браузер Samsung, я полагаю, имеет опцию в меню из трех точек, чтобы все время включать темный режим, который также отменяет настройки Android. Итак, продолжайте использовать prefers-color-scheme и ожидайте, что будущие браузеры сделают то, что вы ищете.