Функция
django atomic
применяется только к ORM django, который применяется к базам данных sql. MongoEngine в настоящее время не поддерживает транзакции, и, насколько мне известно, python ORM в настоящее время не поддерживает их.
Если атомарность является жестким требованием и вам необходимо использовать mongoDB, я думаю, вам нужно go с базовым водитель pymongo