Я просто не прокрутил достаточно вниз по этому вопросу: Изменение поведения отступов Vim в зависимости от типа файла
Тот, который работал для меня, был
autocmd BufRead,BufNewFile *.c,*.h set ts=2 expandtab
С помощью указателей, которые я получил в комментариях, я изменил свое решение, чтобы иметь autocmd в группе, а затем очистить autocmd перед запуском чего-либо. оставив это так:
:augroup cAndHeaderFiles
: autocmd!
: autocmd BufRead,BufNewFile *.c,*.h set sts=2 sw=2 expandtab cindent
:augroup END