На базе Bamboo Server Windows? Можно ли установить на него Visual Studio?
Если да, то вы можете автоматизировать сборку установщиков NSIS с помощью MSBuild и Visual & Installer.
Также (при наличии VS) есть возможность создать NSIS спроектировать в Visual Studio и собрать из него установщик (сборка решения из командной строки).