Путь к классам для компиляции не обязательно совпадает с путем к классу во время выполнения. Конфигурация запуска (Run-> Run ...) подскажет вам, что там.
Обратите внимание, что SWT-файл jar - это просто классы API - вам потребуется двоичный файл per-os для реальных классов времени выполнения, поэтому он может отсутствовать. Если вы добавите контейнер пути к классу "swt", он должен делать все правильно.
Что такое содержимое .classpath в текущем проекте?