Вы можете удалить из каждого счетчика, связанного с А и В, сборку счетчика, используя набор из двух списков, чтобы они рассматривались только один раз.
>>> A = [5,5,5,1,1]
>>> B = [5,1,1]
>>> a_new = list((Counter(A) - Counter(set(B))).elements())
>>> b_new = list((Counter(B) - Counter(set(A))).elements())
>>> a_new
[5, 5, 1]
>>> b_new
[1]