Вы можете использовать агрегацию и having
:
select tq.question_id
from tagsquestions tq join
tags t
on tq.tag_id = t.id
where t.name in ('JS', 'CSS')
group by tq.question_id
having count(*) = 2;
Это предполагает, что теги, назначенные одному вопросу, различны. Это кажется разумным предположением.