np.diag
делает 2-мерный массив из 1-й диагонали:
In [97]: np.diag((np.arange(6)>2).astype(int))
Out[97]:
array([[0, 0, 0, 0, 0, 0],
[0, 0, 0, 0, 0, 0],
[0, 0, 0, 0, 0, 0],
[0, 0, 0, 1, 0, 0],
[0, 0, 0, 0, 1, 0],
[0, 0, 0, 0, 0, 1]])
в основном то же, что и PPanzer, но генерирует диагональ другим способом. Подобная скорость.