Что касается других потенциальных проблем миграции:
1) Пространство - Таблицам InnoDB часто требуется больше дискового пространства, хотя формат файла Barracuda для новых версий InnoDB сократил разницу. Вы можете понять это, преобразовав последнюю резервную копию таблиц и сравнив ее размер. Используйте «Показать статус таблицы» для сравнения длины данных.
2) Полнотекстовый поиск - только на MyISAM
3) ГИС / Пространственные типы данных - только на MyISAM
Производительность, как показывают другие ответы и ссылочный ответ, зависит от вашей рабочей нагрузки. MyISAM намного быстрее для полного сканирования таблицы. InnoDB имеет тенденцию быть намного быстрее для высококонкурентного доступа. InnoDB также может быть намного быстрее, если ваши поиски основаны на первичном ключе.
Другая проблема с производительностью заключается в том, что MyISAM всегда может вести подсчет строк, поскольку он только блокирует уровень таблицы. Итак, если вы часто пытаетесь получить количество строк для очень большой таблицы, это может быть намного медленнее с InnoDB. Поищите в Интернете, если вам нужен обходной путь для этого, как я видел несколько предложенных.
В зависимости от размера таблиц, вам также может потребоваться обновить конфигурационный файл MySQL. По крайней мере, вы можете захотеть переместить байты из key_buffer в innodb_buffer_pool_size. Вы не получите честного сравнения, если оставите базу данных как оптимизированную для MyISAM. Ознакомьтесь со всеми свойствами конфигурации innodb_ *.