Ответ немного сложен. Encounter.patient является ссылкой, и поэтому вы не можете включить весь объект пациента в поле темы - он просто содержит URL-адрес, который ссылается на него (или иногда просто идентификатор, если URL-адрес не может быть определен).
Но есть особый случай, когда объект пациента может быть помещен в Encounter.contained, и тогда ссылка из Encounter.subject является относительной ссылкой (например, что-то вроде reference = "# pat")