PDF - это двоичный файл. Похоже, вы воспринимаете это как обычный текст.
Вы уверены, что загружаете его так, как должны? Похоже, вы помещаете необработанный PDF-файл в свой запрос SOAP - кажется, что в этом случае вы должны его кодировать в Base64. В противном случае вы столкнетесь со всевозможными проблемами с появлением в файле специальных символов XML, которые испортят файл полностью.
Другими словами, дважды проверьте API и убедитесь, что вы не должны что-то делать с файлом (подсказка: если эта штука принимает такие файлы, вы можете быть почти уверены, что вам нужно что-то сделать ).