layerId - это идентификатор слоя пометок, который нужно редактировать / восстанавливать, поэтому загруженные пометки группируются и управляются, например, чтобы показать / скрыть слои в режиме просмотра:
markupExt.show/hideMarkups('layerId')
Следовательно с markupExt.svgLayersMap вы сможете управлять загруженными наценками:
markExt.svgLayersMap['layerId'].markups[index] // access loaded markups