Да, исходный код будет доступен, и нет прямой возможности предотвратить это. Любой, у кого есть доступ к ВМ или образу docker, сможет извлечь ваш исходный код из любого из них. Для виртуальной машины вы обычно можете монтировать диски напрямую и просто просматривать их, а для виртуальной машины и Docker вы не можете помешать кому-либо напрямую войти в работающую виртуальную машину или контейнер и самостоятельно инициировать передачу.
Если вас беспокоит исходный код, вам нужно использовать компилятор или инструмент запутывания, и какой из них наиболее целесообразен, зависит от используемого вами языка.