Возможный обходной путь - вернуть из Matlab два реальных массива (один содержит действительную часть, а другой - мнимую часть) и построить комплексное значение в Python
M_real, M_imag = myMatlabFunction()
M_real_np = np.array(M_real._data)
M_imag_np = np.array(M_imag._data)
M_np = M_real_np + M_imag_np*np.complex(0,1)
Тогда мы сможем получить прибыль из быстрого доступа к элементу _data каждого массива.
Мне все еще интересно более простое решение.