Попробуйте это правило:
RewriteRule $2 !^index\.php$
RewriteRule ^(/~[^/]+/[^/]+/[^/]+)(/.*)? $1/index.php?$2
В зависимости от того, где вы хотите использовать это правило (мое предложение относится к конфигурации сервера / виртуального хоста), вам может потребоваться удалить префикс контекстного пути из шаблона. Так что если вы хотите использовать правило в файле .htaccess в / ~ user / :
RewriteRule $2 !^index\.php$
RewriteRule ^([^/]+/[^/]+)(/.*)? $1/index.php?$2
Или, если в / ~ user / frame / lib / :
RewriteRule $0 !^index\.php$
RewriteRule .* index.php?/$0