Вывод списка пересекающихся генов / значений при создании VennDiagram в R с пакетом VennDiagram - PullRequest
0 голосов
/ 30 января 2020

Я сделал VennDiagram с пятью пересекающимися векторами, каждый из которых содержал набор имен генов.

Кто-нибудь знает, могу ли я каким-то образом экспортировать список генов, которые перекрываются в разных пересечениях?

Я знаю, что могу сделать это с помощью нескольких онлайн-инструментов, таких как Venny или InteractiVenn, но в R. было бы гораздо удобнее.

Вот код, который я использую:

venn.diagram(
  x = list(set1, set2, set3, set4, set5),
  category.names = c("set1", "set2", "set3", "set4", "set5"),
  filename= "my_path/venn.png",
  output=NULL,
   # # Output features
        imagetype="png" ,
        height = 2000 ,
        width = 2000 ,
        units = "px",
        na = 'stop',
        resolution = 300,
        compression = "lzw",
        lwd = 2,
        col = c("#1ABC9C", "#85C1E9", "#CD6155", "#5B2C6F", "#F8C471"), 
        cat.col = c("#1ABC9C", "#85C1E9", "#CD6155", "#5B2C6F", "#F8C471"), 
        fill = c(alpha("#1ABC9C",0.3), alpha("#85C1E9",0.3), alpha("#CD6155",0.3), alpha("#5B2C6F",0.3), alpha("#F8C471",0.3)), 
          cex = 1.5,
          fontfamily = "sans",
          cat.cex = 1.15,
          cat.default.pos = "text",
          cat.fontfamily = "sans",
          cat.dist= c(0.055),
          cat.pos= c(1)
)

Спасибо!

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...