Создание сводной таблицы в нижней части фрейма данных - PullRequest
Новая
       47

Создание сводной таблицы в нижней части фрейма данных

0 голосов
/ 30 января 2020

Пожалуйста, помогите !!

У меня есть следующий фрейм данных (с именем Final_APOL1). Мне нужно создать сводную таблицу, как показано на втором кадре данных. После того, как сгенерировано, возможно ли сохранить это как отдельный выходной CSV, который будет сохранен в том же каталоге?

Сводная таблица проходит через переменные числа аллелей риска и распределяет их по категориям, так что частоты населения могут быть рассчитаны для каждая мутация.

Код для аллелей риска с номерами 1, 2 или нет 

 "no APOL1 Risk Alleles" = ifelse(`Final genotype of APOL1` == "G0/G0", 1, NA),

    "1 APOL1 Risk Alleles" = 
      ifelse(`Final genotype of APOL1` %in% c("G0/G2", "G1^{GM}/G0", "G1^{G+}/G0"), 1, NA),

    "2 APOL1 Risk Alleles" =
      ifelse(`Final genotype of APOL1` %in% c("G1^{GM}/G1^{GM}", "G1^{GM}/G2", "G2/G2"), 1, NA))

Генотипы в Final_APOL1 вписываются в следующие категории для Summary_table 

G1^{GM}/G2 and G1^{G+}/G2 = G1/G2 for Summary_table
G1^{GM}/G1^{GM} = G1/G1 for Summary_table
G1^{GM}/G0 and G1^{G+}/G0 = G1/G0 for Summary_table
G2/G2 = G2/G2 for Summary_table
G0/G2 = G0/G2 for Summary_table

dataframe ( Final_APOL1) 

structure(list(Well = structure(1:96, .Label = c("A01", "A02", 
"A03", "A04", "A05", "A06", "A07", "A08", "A09", "A10", "A11", 
"A12", "B01", "B02", "B03", "B04", "B05", "B06", "B07", "B08", 
"B09", "B10", "B11", "B12", "C01", "C02", "C03", "C04", "C05", 
"C06", "C07", "C08", "C09", "C10", "C11", "C12", "D01", "D02", 
"D03", "D04", "D05", "D06", "D07", "D08", "D09", "D10", "D11", 
"D12", "E01", "E02", "E03", "E04", "E05", "E06", "E07", "E08", 
"E09", "E10", "E11", "E12", "F01", "F02", "F03", "F04", "F05", 
"F06", "F07", "F08", "F09", "F10", "F11", "F12", "G01", "G02", 
"G03", "G04", "G05", "G06", "G07", "G08", "G09", "G10", "G11", 
"G12", "H01", "H02", "H03", "H04", "H05", "H06", "H07", "H08", 
"H09", "H10", "H11", "H12"), class = "factor"), G1_1_1 = c("Blank", 
"Blank", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", 
"+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "Blank", "Blank", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", "+", "Blank", 
"Blank", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", 
"G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", 
"Blank", "Blank", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", 
"G1^{S342G}", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", 
"G1^{S342G}", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", 
"+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", 
"G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", 
"G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}"), G1_1_2 = c("Blank", "Blank", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", 
"G1^{S342G}", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"
), G1_2_1 = c("Blank", "Blank", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", 
"G1^{I384M}", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "Blank", 
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", 
"+", "+", "Blank", "Blank", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", 
"G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", 
"G1^{I384M}", "Blank", "Blank", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", 
"G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", 
"G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", 
"G1^{I384M}", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+", 
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", 
"G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}"), G1_2_2 = c("Blank", 
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", 
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", 
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", 
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"), G2_1 = c("Blank", "Blank", 
"+", "+", "+", "+", "G2", "G2", "+", "+", "G2", "G2", "Blank", 
"Blank", "+", "+", "G2", "G2", "G2", "G2", "+", "+", "+", "+", 
"Blank", "Blank", "G2", "G2", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "Blank", "Blank", "G2", "G2", "G2", "G2", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "G2", "G2", "G2", "G2", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G2", "G2", "G2", 
"G2", "G2", "G2", "G2", "G2", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "G2", "G2", "+", "+", "+", "+", "G2", "G2", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+"), G2_2 = c("Blank", "Blank", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", 
"+", "+", "+", "+", "+"), `Final genotype of APOL1` = c("NA", 
"NA", "G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G2", "G1^{GM}/G2", 
"G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G2", "G1^{GM}/G2", "NA", "NA", "G0/G0", 
"G0/G0", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", 
"G0/G0", "G0/G0", "NA", "NA", "G0/G2", "G0/G2", "G1^{GM}/G0", 
"G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", 
"G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "NA", "NA", "G0/G2", "G0/G2", "G1^{GM}/G2", 
"G1^{GM}/G2", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G0", 
"G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G2", "G1^{GM}/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G0", 
"G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G1^{GM}", "G1^{GM}/G1^{GM}", 
"G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G0/G0", "G0/G0", 
NA, "G0/G0", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", 
"G0/G2", "G0/G2", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", 
"G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G0/G2", "G0/G2", "G1^{GM}/G1^{GM}", 
"G1^{GM}/G1^{GM}", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G0/G2", "G0/G2", 
"G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0"
), `no APOL1 Risk Alleles` = c(NA, NA, 1, 1, 1, 1, NA, NA, 1, 
1, NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, 
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, 1, 1, NA, NA, 1, 
1, NA, NA, 1, 1, NA, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
NA, NA, 1, 1, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, 1, 
1, NA, NA), `1 APOL1 Risk Alleles` = c(NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, 1, 1, 1, 1, NA, 
NA, NA, NA, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, NA, NA, 1, 1, NA, NA, 
1, 1, NA, NA, 1, 1, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 
NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, 1, 1, 1, 1, NA, NA, NA, NA, 1, 
1), `2 APOL1 Risk Alleles` = c(NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, 
NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 
1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, 
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), Sample_Flag = c(FALSE, FALSE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, TRUE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
FALSE, FALSE, FALSE)), row.names = c(NA, -96L), class = "data.frame")

кадр данных (сводная таблица) 

structure(list(X__1 = c("Total number", "Percentage", "G1/G1 %", 
"G2/G2 %", "G1/G2 %", "G0/G1 %", "G0/G2 %"), `no APOL1 Risk Alleles` = c(29, 
33.33, NA, NA, NA, NA, NA), `1 APOL1 Risk Alleles` = c(46, 52.88, 
NA, NA, NA, 27.59, 25.29), `2 APOL1 Risk Alleles` = c(12, 13.79, 
4.6, NA, 9.19, NA, NA), `Total Number` = c(87, NA, NA, NA, NA, 
NA, NA)), row.names = c(NA, -7L), class = c("tbl_df", "tbl", 
"data.frame"))

1 Ответ

0 голосов
/ 04 февраля 2020

Я, как правило, не фанат хранения итоговых строк (например, итоговых) внутри самого фрейма, поскольку любое последующее суммирование строк будет включать это число; Я предполагаю, что это чисто для эстетики, и поэтому в том числе это не ужасно 

library(dplyr)

tmp1 <- as_tibble(Final_APOL_1) %>%
  # discard G* fields, they seem unnecessary?
  select(-starts_with("G")) %>%
  # remove an reference to NA or the literal string "NA", they seem distracting?
  filter(
    !is.na(`Final genotype of APOL1`),
    `Final genotype of APOL1` != "NA"
  ) %>%
  mutate(
    `X__1` = case_when(
      `Final genotype of APOL1` %in% c("G1^{GM}/G2", "G1^{G+}/G2") ~ "G1/G2",
      `Final genotype of APOL1` == "G1^{GM}/G1^{GM}"               ~ "G1/G1",
      `Final genotype of APOL1` %in% c("G1^{GM}/G0", "G1^{G+}/G0") ~ "G1/G0",
      TRUE ~ `Final genotype of APOL1`
    )
  ) %>%
  select(-Well, -`Final genotype of APOL1`, -Sample_Flag) %>%
  group_by(X__1) %>%
  summarize_all(~ sum(.))

totals <- tmp1 %>%
  summarize_at(vars(-X__1), ~ sum(., na.rm = TRUE)) %>%
  mutate(
    `Total Number` = sum(.),
    X__1 = "Total number"
  )
percents <- totals %>%
  mutate_at(vars(-X__1, -`Total Number`), ~ 100 * . / `Total Number`) %>%
  mutate(
    `Total Number` = NA_real_,
    X__1 = "Percentage"
  )

Конечные шаги и вывод: 

tmp1 %>%
  mutate_at(vars(-X__1), ~ 100 * . / totals$`Total Number`) %>%
  bind_rows(., totals, percents)
# # A tibble: 7 x 5
#   X__1         `no APOL1 Risk Allele~ `1 APOL1 Risk Allele~ `2 APOL1 Risk Allele~ `Total Number`
#   <chr>                         <dbl>                 <dbl>                 <dbl>          <dbl>
# 1 G0/G0                          33.3                  NA                   NA                NA
# 2 G0/G2                          NA                    25.3                 NA                NA
# 3 G1/G0                          NA                    27.6                 NA                NA
# 4 G1/G1                          NA                    NA                    4.60             NA
# 5 G1/G2                          NA                    NA                    9.20             NA
# 6 Total number                   29                    46                   12                87
# 7 Percentage                     33.3                  52.9                 13.8              NA
...