Преобразование данных из широких в длинные, где «length (варьирующиеся)»> «length (times)» - PullRequest
Новая
       98

Преобразование данных из широких в длинные, где «length (варьирующиеся)»> «length (times)»

0 голосов
/ 30 января 2020

Я пытаюсь преобразовать данные из df в df2. 

> df
  part.id bl.rbc bl.serum bl.hp bl.epfa sm.rbc sm.serum sm.hp sm.epfa oy.rbc oy.serum oy.hp
1       1     NA       NA    NA      NA     NA       NA    NA      NA     NA       NA    NA
2       2     NA       NA    NA      NA     NA       NA    NA      NA     NA       NA    NA
3       3     NA       NA    NA      NA     NA       NA    NA      NA     NA       NA    NA
  oy.epfa
1      NA
2      NA
3      NA


> df2
  part.id timepoint rbc serum hp epfa
1       1        bl  NA    NA NA   NA
2       2        sm  NA    NA NA   NA
3       3        oy  NA    NA NA   NA

Я пытался изменить форму, но я получаю ошибку, если длина (изменяющаяся) = 4> длина (время) = 3. В моем случае 16 переменных.

Код для их создания: 

part.id <- c(1,2,3)
bl.rbc <- NA
bl.serum <- NA
bl.hp <- NA
bl.epfa <- NA
sm.rbc <- NA
sm.serum <- NA
sm.hp <- NA
sm.epfa <- NA
oy.rbc <- NA
oy.serum <- NA
oy.hp <- NA
oy.epfa <- NA


df <- data.frame(part.id, 
                 bl.rbc, bl.serum, bl.hp, bl.epfa, 
                 sm.rbc, sm.serum, sm.hp, sm.epfa,
                 oy.rbc, oy.serum, oy.hp, oy.epfa)

timepoint <- c("bl", "sm", "oy")

rbc <- NA
serum <- NA
hp <- NA
epfa <- NA

df2 <- data.frame(part.id, timepoint, rbc, serum, hp, epfa)

1 Ответ

1 голос
/ 30 января 2020

Это не соответствует ожидаемому результату, но, возможно, что вы намеревались? 

library(tidyverse)
library(stringr)

df %>%
  rename_at(-1, ~ str_replace(., "(\\w+).(\\w+)", "\\2_\\1")) %>% 
  pivot_longer(-part.id, names_to = c(".value", "timepoint"), names_sep='_')

# A tibble: 9 x 6
  part.id timepoint rbc   serum hp    epfa 
    <dbl> <chr>     <lgl> <lgl> <lgl> <lgl>
1       1 bl        NA    NA    NA    NA   
2       1 sm        NA    NA    NA    NA   
3       1 oy        NA    NA    NA    NA   
4       2 bl        NA    NA    NA    NA   
5       2 sm        NA    NA    NA    NA   
6       2 oy        NA    NA    NA    NA   
7       3 bl        NA    NA    NA    NA   
8       3 sm        NA    NA    NA    NA   
9       3 oy        NA    NA    NA    NA
...