Как я вижу, у вас есть несколько вопросов. Прежде всего, я хотел бы отметить, что вы должны убедиться, что вы на 100% уверены, какие подмодули должны быть удалены, а какие - нетронутыми. К сожалению, мы не можем посоветовать, какие из них следует удалить и нужно ли их выдвигать.
Если у вас есть удаленный репозиторий, в котором уже есть некоторые добавленные подмодули, а некоторые удалены, то, пожалуйста, нажмите «Обновить проект» в меню VCS - он обновит root и субмодули в вашем проекте. Подробнее см. Здесь: https://www.jetbrains.com/help/idea/sync-with-a-remote-repository.html#update
Если вам нужно зафиксировать только один субмодуль, пожалуйста, go в VCS | Фиксация и в диалоге фиксации проверьте папку субмодуля. Если вам нужно отправить sh в удаленный репозиторий, вы можете нажать на стрелку рядом с кнопкой «Commit» и выбрать «Commit и Pu sh» . В противном случае, если вы хотите зафиксировать весь проект - проверьте папку root.