Комментарий Umair Magbool заставил меня задуматься о добавлении префикса к сообщениям на основе формы, которая их отправила. Я проверил это, добавив значение в fla sh:
flash('add_root_submit: Administrator account updated successfully!', 'success')
Затем я проверил этот новый вход во время html рендеринга:
{% with messages = get_flashed_messages(with_categories=true) %}
{% if messages %}
{% for category, message in messages %}
{% if 'add_root_submit' in message %}
<div class="alert alert-{{ category }}" role="alert">
{{ message|replace('add_root_submit: ', '') }}
</div>
{% endif %}
{% endfor %}
{% endif %}
{% endwith %}
Это сработало отлично!