суммировать по подгруппам dplyr - PullRequest
Новая
       52

суммировать по подгруппам dplyr

1 голос
/ 13 апреля 2020

Я довольно новичок в dyplr и изо всех сил пытаюсь получить что-то такое же простое, как пропорции, используя функцию суммирования.

Часть моего набора данных 

city = rep(c("A","B"), each = 5)
month = c("Jan","Jan","Jan","Feb","Feb","Jan","Jan","Feb","Feb","Feb")
species = c("aegypti","gambiae","quinque","aegypti","quinque",
            "aegypti","gambiae","quinque","aegypti","quinque")
total = c(20, 5, 25, 12, 23, 10, 10, 0, 20, 0)
df = data.frame(city, month, species, total)

Затем я хочу подсчитать для каждого города месячную долю каждого вида. Я могу рассчитать общее количество по городу и месяцу 

df %>% group_by(city, month) %>% summarise(total = sum(total))

# A tibble: 4 x 3
# Groups:   city [2]
#  city  month total
#  <fct> <fct> <dbl>
#1 A     Feb      35
#2 A     Jan      50
#3 B     Feb      20
#4 B     Jan      20

Затем я могу рассчитать отдельно по видам 

df %>% group_by(city, month, species) %>% summarise(total = sum(total)

# A tibble: 9 x 4
# Groups:   city, month [4]
#  city  month species total
#  <fct> <fct> <fct>   <dbl>
#1 A     Feb   aegypti    12
#2 A     Feb   quinque    23
#3 A     Jan   aegypti    20
#4 A     Jan   gambiae     5
#5 A     Jan   quinque    25
#6 B     Feb   aegypti    20
#7 B     Feb   quinque     0
#8 B     Jan   aegypti    10
#9 B     Jan   gambiae    10

, но мне нужно что-то вроде этого, чтобы вычислить пропорцию. Я бы хотел, чтобы стол выглядел примерно так. 

# A tibble: 9 x 4
# Groups:   city, month [4]
#  city  month species total total1 prop
#  <fct> <fct> <fct>   <dbl> <dbl>  <dbl>
#1 A     Feb   aegypti    12   35    34.29
#2 A     Feb   quinque    23   35    65.71
#3 A     Jan   aegypti    20   50    40.00
#4 A     Jan   gambiae     5   50    10.00
#5 A     Jan   quinque    25   50    50.00
#6 B     Feb   aegypti    20   20   100.00
#7 B     Feb   quinque     0   20     0
#8 B     Jan   aegypti    10   20    50.00
#9 B     Jan   gambiae    10   20    50.00

Я играл, но я не нашел способ сделать это .. Спасибо!

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 13 апреля 2020

Мы можем использовать data.table

library(data.table)
setDT(df)[, total := total/sum(total) * 100, .(city, month)]
0 голосов
/ 13 апреля 2020

group_by city и month и разделите total на sum в группе, чтобы получить пропорции. 

library(dplyr)
df %>% group_by(city, month) %>% mutate(total = total/sum(total) * 100)

#  city  month species total
#   <fct> <fct> <fct>   <dbl>
# 1 A     Jan   aegypti  40  
# 2 A     Jan   gambiae  10  
# 3 A     Jan   quinque  50  
# 4 A     Feb   aegypti  34.3
# 5 A     Feb   quinque  65.7
# 6 B     Jan   aegypti  50  
# 7 B     Jan   gambiae  50  
# 8 B     Feb   quinque   0  
# 9 B     Feb   aegypti 100  
#10 B     Feb   quinque   0

Или в базе R: 

df$total <- with(df, total/ave(total, city, month, FUN = sum))
...