Спасибо за отзыв, Дэйв. В итоге я позаимствовал XSLT из плагина JsUnit и создал скрипт на python, который применяет преобразование и вручную исправляет проблему в преобразованном XML. Затем в конце я добавил шаг сборки, который запускает скрипт для всех файлов, сгенерированных JsUnit, полностью обходя плагин JsUnit.
Немного хакерский, но он сделал свою работу. Вот код для всех, если они заинтересованы.
http://pastebin.com/3FP6kbLx