Итак, я нашел способ создания матрицы, который, очевидно, был вдохновлен ответом @ usher. Я знаю, что это более запутанно, но хотел поделиться этим. Еще раз спасибо @ usher
E=df.E
F=df.F
bins_E=pd.cut(E, bins=(max(E)-min(E))/100)
bins_F=pd.cut(F, bins=(max(F)-min(F))/10)
bins_EF=bins_E.to_frame().join(bins_F)
freq_EF=bins_EF.groupby(['E', 'F']).size().reset_index(name="counts")
Mat_FE = freq_EF.pivot(columns='E', index='F')