Хорошо, я наконец нашел, как это сделать. Чтобы получить порты функций Matlab, вы должны использовать Stateflow API. Я использую этот код:
rt = sfroot; % stateflow root
A = rt.find('-isa','Stateflow.EMChart', 'Path', SourceBlockPath); % Find the MATLAB Function block (without Path property, it display all Matlab Function blocks)
B = A.outputs(1).Name; % Get the name of the 1st outport