Вдохновленный комментарием @ jonrsharpe, просто переместите клонированный каталог.
В unix -подобных системах:
$ cd /base/path/repoA/some/repoB
$ git remote -v ## shows the inner repoB
$ cd ..
$ git remote -v ## shows the outer repoA
$ git status ## shows repoB/ as untracked
$ mv repoB /base/path
Затем вы можете нажать / commit / et c как Необходимый
$ cd /base/path/repoB
$ git commit . . .
$ git push
Вам не нужно перемещать его в изменения pu sh (git определит, в каком репо вы работаете, выполнив поиск по пути к каталогу и используя первый).