Йо может создать верхний уровень меньшего размера, чем родительское окно. Затем просто нажмите кнопку, которая показывает новое всплывающее окно, например окно, при нажатии на него.
from tkinter import *
root = Tk()
root.geometry("400x400")
def popup():
top = Toplevel()
top.geometry("200x200")
top.mainloop()
bt=Button(root,text ="CLick here", command = popup)
bt.pack()
root.mainloop()