Лучший способ взаимодействия с javascript, в зависимости от того, что вы делаете, это либо NPN_Evaluate (если больше ничего не будет работать), либо с помощью NPN_GetValue, чтобы получить NPObject для окна DOM, а затем вы можете вызвать Invoke и SetProperty для что.
Если вы просто внедряете прямой javascript, NPN_Evaluate, конечно, является хорошим способом сделать это, но избегайте его использования на вещах, которые вызываются очень часто, поскольку он имеет снижение производительности по сравнению с общением с объектами dom непосредственно.