Вы можете использовать $ elemMatch (проекция) для проецирования нужного значения массива.
Обратите внимание, что я просто конвертирую курсор в список для удобства обработки.
На основе следующего документа:
{'_id': 1,
'data': [{'1': {'trq': {'max': 100, 'min': 50}}, 'ref': 1},
{'2': {'trq': {'max': 50, 'min': 50}}, 'ref': 2}],
'max': 100,
'min': 30}
Следующий запрос вернет первую ссылку и подавит идентификатор:
mlist1 = list(coll.find({}, {
'_id': 0,
'data': {'$elemMatch': {'ref': {'$eq': 1}}}
}))
Результаты:
{'data': [{'1': {'trq': {'max': 100, 'min': 50}}, 'ref': 1}]}
Для второго:
mlist1 = list(coll.find({}, {
'_id': 0,
'data': {'$elemMatch': {'ref': {'$eq': 2}}}
}))
Результаты:
{'data': [{'2': {'trq': {'max': 50, 'min': 50}}, 'ref': 2}]}