Какой язык программирования вы используете?
Вот рабочий пример в Javascript:
Учитывая A.xml:
<base>
<A>
<one>
<two/>
</one>
</A>
</base>
B.xml:
<something>
<B/>
<BBBBBB/>
</something>
merge.js:
var doc1 = new ActiveXObject("MSXML2.DOMDocument");
doc1.load("A.xml");
var doc2 = new ActiveXObject("MSXML2.DOMDocument");
doc2.load("B.xml");
doc1.documentElement.appendChild(doc2.documentElement);
WScript.echo (doc1.xml);
Вывод:
<base>
<A>
<one>
<two/>
</one>
</A>
<something>
<B/>
<BBBBBB/>
</something>
</base>