У меня очень специфическая c проблема.
У меня есть программа (SeqPruge из ngs-битов https://github.com/imgag/ngs-bits), которая обычно запускается без проблем при запуске из команды line.
Однако при запуске с srun он завершается с ошибкой сегментации, когда указывается, что выход находится в разделе основного диска (например, -out1 /tmp/fil2 -out2 /tmp/file2 или -out1 /home/user/file1 -out2 /home/user/file2).
Кроме того, когда вывод отправляется на сетевое запоминающее устройство cifs, программа запускается без каких-либо проблем (например, -out1 /mnt/dev1/file1 -out2 /mnt/dev1/file2).
Наконец, когда вызывается с параметром --mincpus=2, она работает во всех случаи с srun соотношениями выходного местоположения.
Кто-нибудь из вас знает, какие параметры мне нужно посмотреть в конфигурации slurm, чтобы решить эту проблему?
Я установил slurm в ubuntu 18.04 с использованием пакета slurm-wlm, который в настоящее время предоставляет версию slurm 17.11.
Заранее спасибо
Alex