Почему бы просто не передать параметры, переданные сценарию оболочки, в приложение Java. Я обычно делаю что-то вроде этого:
#!/bin/zsh
java -jar someapp.jar $@
Это передаст все аргументы, с которыми был выполнен скрипт, в java-приложение, и вы сможете воздействовать на них - насколько я понимаю, вам нужен только один - путь к файлу. Я не знаком со скриптами летучих мышей, но я предполагаю, что у них есть какой-то похожий способ передачи аргументов.