Несмотря на то, что вопросы, связанные с производительностью, часто закрываются из-за того, что они не отвечают без тестов на машине, на этот вопрос стоит ответить, поскольку, если вы не запустите компьютер на основе картофеля, это не повлияет на производительность.
Каталоги на самом деле не являются физическими папками, как это было бы в реальной жизни.
Это просто регистры указателей на дисковое пространство, где хранятся ваши файлы. (Конечно, это чрезмерно упрощено, поскольку включает файловые системы и более низкоуровневые вещи, но в этом нет необходимости).
Чтобы вернуться к вашему вопросу, разница между загрузкой двух файлов из двух каталогов
/var/foobar/dir1/image1.jpeg
/var/foobar/dir2/image2.jpeg
или одного каталога
/var/foobar/dir1/image1.jpeg
/var/foobar/dir1/image2.jpeg
В том, что вашей файловой системе придется искать таблицы двух разных каталогов. С современными файловыми системами и умеренным (даже бюджетным) оборудованием это не вызывает проблем.
Как упомянул @AjitZero, здесь ваше влияние на производительность будет зависеть от размера файлов, количества отдельных HTTP-запросов ( То есть: сколько изображений, css, сценариев и т. д. c ...) и как вы кешируете данные на компьютере пользователя.