Создайте новый репозиторий, затем добавьте оба этих репозитория в качестве удаленных:
git remote add origin1 ...
git remote add origin2 ...
Получить из обоих:
git fetch origin1
git fetch origin2
Создать локальную ветвь для отслеживания ветки каждого удаленного (при условии мастера):
git branch branch1 origin1/master
git branch branch2 origin2/master