Следующее:
$('[data-toggle="popover"]').popover({
trigger: 'hover'
});
Будет соответствовать только элементам, которые в данный момент находятся в DOM, а не ваш клон.
Вам нужно будет либо использовать этот выбор и метод после клонирования или явного вызова метода для вашего нового элемента после клонирования:
var leaveUser = $('.popover')
.clone()
.prependTo('.new-popups')
.popover({
trigger: 'hover'
});