Прежде всего, создание базы кода, которая не наследуется от master в репозитории, не должно выполняться. Новый код должен быть сохранен в другом репо.
Ответ: Вы можете создать новую ветку из master, удалить все файлы в ней и зафиксировать, теперь новая ветвь будет пустой, и вы сможете сохранить свои новые файлы в it.
Обновление : Как сказано Von C в другом ответе, вы можете использовать git switch --orphan <branch_name>
для создания пустой ветви.