На первый взгляд, я подумал о RegExp, но, добавив к вопросу, вы удалили эту возможность, добавив в стартовую строку ...
Итак, вам нужно будет создать процедуру, которая будет принимать каждый символ, равный из полученной строки, примерно так:
<script type="text/javascript">
var a = "org.company.project.component.diff";
var b = "org.company.project.component.sub_component";
var i = 0;
while(a.charAt(i) == b.charAt(i)){
i++;
}
alert(b.substring(i));
</script>
Кстати, не имеет смысла устанавливать Java и javascript как равные в любом контексте, популярный способ выразить это может быть:
У Java и javascript есть четыре общих черты: j-a-v-a! -)