Вам не хватает запятых между некоторыми из выбранных вами полей. Попробуйте это:
uhc_phys <- sqldf("select
a.iso3,a.year,a.whoname,a.Phys ,
b.iso3,b.year,b.whoname,b.Phys ,
min(abs(a.year - b.year)) min_value
from uhc_hwf a
left join uhc_hwf b on a.year - b.year in (0,1,2,3,4,5) and
a.iso3 = b.iso3 and
b.Phys is not null
group by a.iso3, a.year
having a.year in ('2012','2017')")[1:8]
(запятые немного расставлены, чтобы выделить, какие из них отсутствуют.)