Попробуйте это
import pandas as pd
import numpy as np
df = pd.DataFrame({'A':[1,2,3,''], 'B': [4,5,'', 6]})
df = df.replace('', np.nan)
df = df.dropna()
print(df)
Вывод:
A B
0 1.0 4.0
1 2.0 5.0
Вы можете удалить столбец, используя del
del df['column_name']