.querySelectorAll()
возвращает список узлов (коллекцию) элементов. Список узлов не имеет classList
, элементы внутри него есть, поэтому вы должны сделать это для каждого элемента. Однако есть более простой способ, который состоит в том, чтобы провести l oop через коллекцию и воздействовать на каждый элемент в ней:
let nums = [0, 2, 3, 5, 6, 8];
document.querySelectorAll('.dice#one .d_dot').forEach(function(item, index){
if(nums.indexOf(index) > -1 ){
item.classList.remove('invisible');
}
});