Вы можете сделать несколько вещей:
1) Белый список IP-адресов компьютера A на компьютере B.
2) Sql Сервер может запустить ssl при соединении между компьютерами A и B.
3) Sql Сервер может работать с доверенным (ca) сертификатом между приложением и sql сервером.
4) Вы можете настроить веб-сервер, где вы выполняете некоторую аутентификацию пользователя / ap, и только этот веб-сервер имеет доступ к компьютеру B.
Это более или менее доступные вам варианты, и вы можете использовать их все в комбинации.