Я бы сказал, что у вас есть два варианта:
- Преобразовать ваш проект в структуру maven и собрать его, используя maven
- Вместо того, чтобы экспортировать его в банку, экспортируйте его в Файл сборки ant.
В 2 eclipse создаст файл сборки ant, а затем вы сможете использовать ant для сборки проекта на Jenkins. Я использовал этот подход в прошлом - я полагаю, что вам нужно настроить файл сборки для создания jar, я думаю, что файл сборки ant будет компилировать только классы, вам нужно добавить шаг создания файла jar.