Существуют различные возможные решения. Чтобы очистить переменную, используйте clear
:
clear particles
particles(2, 1) = Particle;
(обратите внимание, что нет необходимости добавлять пустые скобки для вызова функции без аргументов.)
Однако лучшее решение IMO это создать массив вашего класса и присвоить его переменной
particles = repmat(Particle,2,1);
Этот оператор работает, только если вы не перегружены оператором конкатенации.