Пакет ellipse
является лишь одним из нескольких пакетов, которые имеют функции для рисования эллипсов. Установите пакет, а затем загрузите его. Вы должны рассчитать уровень вероятности для числа стандартных отклонений, поскольку функция не принимает стандартные отклонения напрямую:
library(ellipse)
plot(mu[1], mu[2], xlim=c(-2, 4), ylim=c(0, 4))
lvl <- diff(pnorm(c(-1, 1)))
lines(ellipse(Sigma, scale=c(1.4, 1), centre=c(1, 2), level=lvl))