Я воспроизвел ваш код и успешно выполнил его. Ваш код в порядке. Проблема может быть в установке недостающего дополнения или в вашей среде. Например, если вы используете pdf_document в YAML вашего сценария RMarkdown, проверьте свою среду, чтобы убедиться, что у вас есть все необходимые инструменты, отличные от R. В зависимости от вашей операционной системы вам потребуются: Miktex (Windows), Mactex (OS X) или Tex Live (Linux).
Если вы приложите весь свой код в приложении, я могу помочь вам проверить все это.
С уважением.